Perairan sungai dengan daya dukung lingkungan yang sudah mulai menurun akibat adanya buangan limbah pencemar dari berbagai aktifitas di sepanjang sungai tentunya terdapat upaya untuk melakukan rehabilitasi sungai. Rehabilitasi sungai dilakukan dengan tujuan untuk mengembalikan fungsi alamiah lingkungan sebagai habitat berbagai macam organisme sungai. Perencanaan rehabilitasi sungai kadangkali tidak dilakukan dengan komprehensif dengan berbagai sudut pandang. Lebih diutamakan untuk mengurangi aktifitas di pinggir sungai, tanpa adanya pemilihan yang tepat di lokasi mana yang akan direhabilitasi, prioritas lokasi dan aktifitas apa yang boleh dan tidak boleh dilakukan atau boleh dilakukan tetapi dengan syarat tertentu.
Teknologi pemodelan dapat membantu untuk menghitung beban limbah sungai dari berbagai aktifitas di sepanjang sungai, bagaimana pola sebaran dan konsentrasinya, pemilihan daerah prioritas untuk direhabilitasi dan aktifitas apa yang boleh dilakukan di pinggir sungai dengan skenario yang dibangun berdasarkan perencanaan rehabilitasi sungai. Perubahan apa yang akan terjadi dari organisme di lingkungan perairan sungai dengan suatu disain perencanaan rehabilitasi sungai juga dapat disimulasikan dengan menggunakan pemodelan. Uji efektifitas perencanaan rehabilitasi sungai perlu dilakukan sebelum rehabilitasi diimplementasikan.
Modul model yang digunakan untuk perencanaan rehabilitas sungai meliputi modul model Hidrodinamika dan Aliran Sungai untuk mengetahui pola aliran sungai, modul Adveksi-Dispersi untuk mensimulasikan sebaran limbah buangan bahan pencemar terlarut di sungai, modul Analisis Tumpahan Minyak untuk mensimulasikan sebaran minyak jika terdapat limbah minyak yang masuk ke badan sungai dan modul Pergerakan Sedimen Kolom Air dan Pergerakan Partikel digunakan untuk mensimulasikan limbah sedimen yang masuk ke badan sungai. Modul Model Ekosistem digunakan untuk memsimulasikan respon perubahan parameter fisik, kimia dan biologi terhadap organisme di sungai dan muara sungai. Modul Litoral dan Dinamika garis pantai digunakan jika diduga sedimen yang masuk ke muara sungai dalam jumlah besar dan akan mempengaruhi perubahan garis pantai. Basis data hasil pemodelan diintegrasikan dengan menggunakan modul GIS Kelautan.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi rehabilitasi sungai dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.