Optimalisasi alur pelayaran dilakukan pada saat kapal sudah berada di tengah laut, dimana kondisinya didapat informasi baru bahwa rute pelayaran yang akan dilaluinya akan terjadi gangguan dari kondisi perairan dan cuaca (badai dan lain-lain) atau gangguan teknis atau non teknis lainnya. Pembaharuan rute pelayaran akan menjadi penting untuk keselamatan kapal dengan tetap pula memperhitungan efisien pelayaran. Perubahan rute pelayaran terjadi dengan alternatif tujuan baru atau tetap pada tujuan yang sama. Tujuan baru biasanya terjadi karena kondisi emergensi. Gangguan-gangguan yang berasal dari perubahan kondisi perairan (gelombang dan arus) dan cuaca harus segera diantisipasi dengan mengambil keputusan untuk terus pada rutenya, mencari alternatif rute baru, mencari lokasi atau merubah tujuan untuk sementara karena kondisi yang sangat ekstrim. Pengambilan keputusan ini harus tepat sehingga tingkat efisiensi dan keselamatan kapal tetap terjaga.
Teknologi pemodelan laut dapat membantu dalam pengambilan keputusan tersebut dengan menginformasikan kepada kapal seberapa berat gangguan yang akan terjadi. Gangguan gelombang dan arus dapat diprediksi dengan pemodelan berdasarkan perubahan kondisi cuaca (angin) yang terjadi. Hasilnya dapat diketahui seberapa besar dampak yang akan berpengaruh terhadap kapal. Jika diketahui bahwa tidak memungkinkan untuk bertahan pada rute pelayarannya maka diperlukan rute baru atau tujuan baru dimana kondisi perairannya dapat dimodelkan pula.
Modul model Hidrodinamika digunakan untuk mengetahui kondisi pola arus dan tinggi muka laut terbaru dari kondisi terakhir prediksi cuaca ekstrim. Modul model Gelombang Spektral digunakan untuk mengetahui kondisi gelombang di perairan laut terbuka dan modul Gelombang Spektral di Perairan Dangkal digunakan untuk mengetahui kondisi gelombang di perairan dangkal. Kondisi gelombang ini adalah informasi terbaru dari gelombang dengan kondisi terakhir prediksi cuaca ekstrim. Model GIS Kelautan digunakan untuk mengintegrasikan informasi dari hasil model yang telah diperbaharui dengan peta-peta navigasi untuk optimalisasi alur pelayaran yang terbaharukan.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi optimalisasi alur pelayaran dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.