Estuari dan pesisir pantai merupakan daerah yang memiliki daya tarik tertentu baik untuk dijadikan tempat tinggal dan aktifitas perekonomian (industri, pelabuhan, pariwisata dan lain-lain). Pemanfaatan estuari dan pesisir pantai tersebut tentunya memiliki potensi gangguan terhadap perairan di sepanjang pantai, sungai dan muara sungai. Gangguan tersebut dapat berupa limbah buangan dan sedimentasi. Sangat sedikit sekali didapati di perairan sungai yang padat penduduk kualitas perairan di sepanjang pantai masih baik, karena tingkat kerentanan terhadap limbah sangat tinggi. Begitu juga di perairan di sepanjang pantai, banyaknya aktifitas perekonomian akan berdampak semakin banyak kemungkinan perairan tersebut menerima limbah buangan. Pada pesisir pantai terbuka tingkat kerentanan terhadap limbah lebih kecil dari pada di perairan sungai dan muara sungai karena besarnya energi laut untuk membantu menghilangkan limbah tersebut.
Rehabilitasi sungai sangat diperlukan tetapi pada kenyataannya sedikit sekali dampak terhadap pemulihan kualitas sungai. Oleh karena itu kondisi ini akan berdampak pada kualitas perairan di muara sungai. Selain itu, tingkat sedimentasi di sepanjang sungai juga akan mengganggu stabilitas morphologi di muara sungai.
Teknologi pemodelan dapat membantu memberikan masukan untuk mengatasi kendala-kendala tersebut di atas. Hasil dari identifikasi kerentanan limbah di sungai dapat dimodelkan jika terjadi pencemaran. Perencanaan rehabilitasi sungai akan lebih terarah dengan dibantu teknologi pemodelan karena hasilnya akan muncul prioritas dan cara penanganan yang tepat untuk merehabilitasi di suatu lokasi di aliran sungai. Seberapa banyak beban perairan di sepanjang pantai untuk mampu menampung limbah buangan dari aktifitas perekonomian dapat dimodelkan. Bagaimana kondisi kualitas perairan di muara sungai dengan melihat sumber-sumber buangan limbah di sepanjang sungai dapat dimodelkan untuk membatasi aktifitas di badan sungai. Gangguan stabilitas di muara sungai akibat sedimentasi dari sungai dapat dimodelkan sehingga dapat diprediksi perubahan morphologi yang akan terjadi di muara sungai.
Aplikasi pemodelan yang dapat diterapkan dari kualitas estuari dan pesisir pantai dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.